Le tombe furono trasferite dall’interno della ex Chiesa di S. Francesco, ora rudere monumentale privo di copertura, nel sottoportico e li ricomposte nel 1659. Così come appare oggi, il portico è però il risultato di una ricostruzione neogotica, portata a termine nel 1850 dall’ingegner Filippo Bandini. La Tomba di Paola Bianca Malatesti che fu la prima moglie di Pandolfo III è ornata da statuette, mensole, archetti pensili e colonnette tortili a coronamento della immagine della defunta, giacente sul coperchio dell’elaboratissimo sarcofago. Si tratta di un autentico capolavoro della scultura tardogotica d’importazione veneziana, del Maestro Filippo di Domenico. Più modesta la Tomba di Bonetto da Castelfranco, voluta da Sigismondo Malatesti per ospitare le spoglie del suo fedelissimo medico. Sul lato opposto del portale domina la rinascimentale Tomba di Pandolfo III Malatesti voluta dal figlio Sigismondo che affidò con ogni probabilità il disegno a Leon Battista Alberti. Nel corso dei recenti restauri a cui è stato sottoposto l’intero complesso monumentale inaspettatamente ritrovato il corpo mummificato di Pandolfo III.
