Il Museo, istituito nel 1945, si trova in piazza del Duomo, all’interno dell’ex-chiesa del Gesù, e raccoglie vari oggetti ed opere d’arte provenienti dalle chiese del territorio appartenenti alla diocesi. La raccolta d’arte venne fondata nel 1945 e conserva importanti opere di Pietro Lorenzetti, Beato Angelico, Bartolomeo della Gatta, Sassetta e Luca Signorelli, oltre ad arredi sacri di notevole pregio. Il percorso espositivo inizia dall’unico oggetto antico presente, di altissima qualità, il sarcofago romano con il Combattimento tra Dioniso e le Amazzoni, databile al II secolo d.C. e ritrovato nei presi del Duomo. La raffinata "Annunciazione del Beato Angelico" e tra le opere del Maestro Luca Signorelli sicuramente degno di nota è " Il Compianto di Cristo morto" dipinto nel 1502 per l’altare maggiore della Chiesa di Santa Margherita, opera di grande forza plastica e vivace cromia.
Prestigiosa è la splendida Assunta che porge la cintola a San Tommaso opera di Bartolomeo della Gatta, datata ai primi anni Settanta del Quattrocento.
