Il Museo di Preistoria e Archeologia della Cantabria conserva tutti i manufatti e i resti recuperati dagli scavi archeologici della regione. Per questo motivo possiede collezioni di oggetti in pietra e osso provenienti da tutte le grotte decorate, come La Garma, Altamira, El Castillo e El Pendo.
Il Museo fu fondato all'inizio del XX secolo con il materiale raccolto principalmente da J. Carballo. Inizialmente era situato nel Palazzo Sobrellano di Comillas e fu inaugurato ufficialmente dal re Alfonso XIII nel 1926. Le sue collezioni sono aumentate ogni anno con i manufatti di tutte le epoche recuperati dagli scavi archeologici in Cantabria. Tuttavia, la specializzazione dell'archeologia regionale nei siti paleolitici ha fatto sì che questo periodo della preistoria sia rappresentato da un ampio campione di oggetti.
Il museo è diviso in due parti: Preistoria e Storia. Alla prima parte è riservato lo spazio espositivo più ampio. Può essere visitata da diversi punti di vista: da un lato si può apprezzare l'evoluzione degli utensili in pietra e quindi della cultura materiale e del processo tecnico, dall'altro si può studiare una selezione delle principali collezioni provenienti dalle grotte della regione e i periodi che ciascuna di esse rappresenta. L'importanza maggiore è data al Paleolitico, ma sono esposti anche altri periodi preistorici e della Storia antica, in particolare l'età romana e il Medioevo.