La Cripta di San Magno fu costruita, dal vescovo Pietro da Salerno, contemporaneamente alla Cattedrale tra il 1072 e il 1104. Essa doveva fungere da scrigno per la conservazione di tutto quello che una cattedrale ha di più sacro: le reliquie dei santi.
L’ambiente presenta tre navate trasversali rispetto a quelle della chiesa superiore e tre absidi. Le dodici colonne individuano ventuno volte che, con le rispettive pareti, sono decorate da un ciclo pittorico di eccezionale bellezza che racconta la storia della Salvezza dell’uomo, dalla sua creazione fino alla fine dei tempi. Gli affreschi sono attribuiti a tre botteghe di artisti anonimi conosciuti come Primo Maestro di Anagni o Maestro delle Traslazioni, Secondo Maestro di Anagni o Maestro Ornatista e Terzo Maestro di Anagni.
Per ragioni stilistiche e storiche i lavori di affrescatura della Cripta si collocano tra il finire del XII secolo e la prima metà del XIII secolo.
