L'isola di Caprera è interamente compresa nel Parco nazionale Arcipelago di La Maddalena, un'area protetta marina e terrestre di interesse nazionale e comunitario. Presenta un andamento costiero frastagliato e mosso. La parte orientale delle coste è particolarmente difficile da raggiungere perché schermata da una piccola catena di granito rosa. La zona costiera del versante orientale è molto ripida, ricoperta in parte da ginepri, lentischi ed altri esemplari tipici della macchia mediterranea. Verso occidente la pendenza lascia il posto a distese pianeggianti, anch'esse di macchia mediterranea, dove si trova anche una vasta pineta. La natura selvaggia e immacolata dell'isola ha determinato, nel 1982, la dichiarazione di Riserva Naturale, seguita dal suo inserimento nel Parco Nazionale di La Maddalena. Il particolare valore naturalistico e ambientale ha fatto sì che la maggior parte del tratto costiero orientale, la cosiddetta zona A, sia sotto un regime di tutela integrale che vieta la pratica della pesca di fronte a Cala Coticcio. Questo divieto riguarda anche l'area marina ad est di Punta Rossa e l'Isola Pecora. D'inverno la zona è comunque esplorabile in auto, ma nel periodo estivo è vietato transitarvi se non con un'autorizzazione concessa dal Comune e dall'Ente Parco. L'Isola di Caprera, oltre che per le sue bellezze naturalistiche, è nota perché conserva la memoria dei ventisei anni che Giuseppe Garibaldi decise di trascorrervi: da visitare il Compendio Garibaldi con la tomba e la Casa Bianca, sua residenza fino alla morte. L'isola è anche sede di una scuola di vela: il centro velico Caprera.
