Το Περιφερειακό Μουσείο Beja έχει ένα άλλο υποκατάστημα σε αυτή την αρχαία εκκλησία. Το Igreja de Santo Amaro ιδρύθηκε στην πραγματικότητα στη δεκαετία του 900 όταν η Beja ήταν υπό μαυριτανικό έλεγχο. Και ενώ είναι τώρα ένα παρεκκλήσι μέσα σε μια νεότερη εκκλησία που χρονολογείται από τη δεκαετία του 1500, πολλά προ-Ρωμανικά έργα τέχνης παραμένουν σε αυτό το πορτογαλικό Εθνικό Μνημείο. Δείχνει τα πρώτα σημάδια μιας ιεραρχίας σε μια εκκλησία, με νάρθηκα για τους ξένους, τον κυρίως ναό για τα μέλη της εκκλησίας και το ισοδύναμο μιας χορωδίας, αυστηρά για τον κλήρο. Μία από τις στήλες έχει σπειροειδή γλυπτά και οι πρωτεύουσες έχουν φυτικά και ζωικά μοτίβα, συμπεριλαμβανομένης μιας εικόνας ενός ζευγαριού πουλιών που κυνηγούν ένα φίδι.
