ARQUA е основен справочник за опознаване на испанското подводно наследство в две големи области. Първата е "Подводно културно наследство", която се фокусира върху обяснението на методологията, използвана при подводните разкопки. Двете сгради за впечатляваща модерна структура, свързана под нивото на земята и проектирана да създава подводен ефект. Вътре това забележително пространство съдържа експонати, обясняващи самия завладяващ процес на подводната археология, и еклектична колекция от артефакти, свързани с исторически кораби, използвани в древната морска търговия в Средиземноморието. Интересен елемент е репликата на един от финикийските кораби (VII в. сл. Хр.), открит в Мазарон. Другата зона, известна като "Mare Hibericum", приканва посетителите да открият Иберийския полуостров чрез динамичната търговска история на Средиземноморието от древността до XIX век. Тук се намират и слонски бивни от финикийско време, открити в местността Бахо де ла Кампана. Това е първият музей за подводна археология в Испания. Някои от най-хубавите експонати са реконструираните напречни сечения на кораби, които показват как са били конструирани плавателните съдове и как са били складирани товарите. Има някои много подробни миниатюрни диорами, показващи сцени от пристанищната дейност, и модели на плавателни съдове от различни епохи.
Последната експозиция е посветена на испанската фрегата "Нуестра Сеньора де лас Мерседес", която потъва край Португалия през 1804 г. Корабокрушението става причина за важно съдебно дело между испанското правителство и компанията за търсене на съкровища Odyssy Marine Exploration, в резултат на което на Испания са върнати заграбени артефакти на стойност около 500 милиона долара, включително множество традиционни испански монети, които са изложени в музея.
