Spoločnosť bola založená v roku 1579 a je považovaná za najstaršiu univerzitu v pobaltských štátoch, hoci pôvodne bola jezuitská Vysoká škola. V roku 1700 sa jezuitský poriadok rozpustil a univerzita vo Vilniuse sa stala sekulárnou. Počas sovietskych a nacistických povolaní bolo niekoľkokrát zatvorené. To je teraz vedúci univerzity v krajine a stará časť areálu, ktorý sa nachádza predovšetkým na Universiteto g. možno navštíviť za malý poplatok. Krásne nádvoria a knižnica stojí za návštevu.