Os túmulos foram deslocados do interior da antiga Igreja de São Francisco, hoje uma ruína monumental sem tecto, para o sub-pórtico e ali foram remontados em 1659. No entanto, como parece hoje, o pórtico é o resultado de uma reconstrução neo-gótica, concluída em 1850 pelo engenheiro Filippo Bandini. O Túmulo de Paola Bianca Malatesti, primeira esposa de Pandolfo III, está adornado com estatuetas, corbéis, arcos suspensos e colunas torcidas que coroam a imagem do falecido, deitado sobre a tampa do elaborado sarcófago. É uma autêntica obra-prima da escultura gótica tardia de importação veneziana, do Maestro Filippo di Domenico. Mais modesto é o Túmulo de Bonetto da Castelfranco, encomendado por Sigismondo Malatesti para albergar os restos mortais do seu fiel médico. Do lado oposto do portal está o túmulo renascentista de Pandolfo III Malatesti, encomendado pelo seu filho Sigismondo, que muito provavelmente confiou o desenho a Leon Battista Alberti. Durante os recentes trabalhos de restauração de todo o complexo monumental, o corpo mumificado de Pandolfo III foi inesperadamente encontrado.
