Šibeniki kangendatud linna asutasid horvaadid 9. sajandi paiku. Arengu tõttu keskaegse horvaatia riigi linna Šibenik teinud edusamme, ja see oli mainitud esimest korda 11. sajandil dokumenti, mille on kirjutanud kuningas Petar Krešimir IV. Varsti pärast seda ei olnud palju erinevaid rahvad võitlevad selle linna – Austria-ungari monarhia üle Bütsantsi Veneetsia, kuid linn oli endiselt edu, levitada ja arendada oma kultuuri, kunsti -, navigatsiooni -, kaubandus-ja majandus üldiselt. Šibenik oli Veneetsia võimu all pikka aega 400 aastat, kuid sellest perioodist on meil tänapäeval Šibeniki kõige olulisemad ajaloolised ja kultuurilised paigad. Nende hulgas on ka linna peamine sümbol täna-Püha Jaakobi katedraal.
