Santa Maria la Nova bažnyčios istorija susijusi su pirmaisiais konventualų judėjimais. Pirmoji pranciškonų bendruomenė Neapolyje (1216 m.) įsikūrė ant romėnų vilos griuvėsių ir įkūrė Santa Maria ad Palatium toje vietoje, kur vėliau iškils Castel Nuovo. Kai Karius I Anžu konfiskavo šią teritoriją ir davė pranciškonams kitą žemės sklypą, kuriame jie galėjo statyti naują vienuolyną, buvo pastatyta dabartinė vieta ir pavadinta Santa Maria La Nova (1279 m.).Dabartinė pastato išvaizda yra XVI a., jį perstatė Giovanni Cola di Franco (1596-1599 m.). Įvairiais laikotarpiais praturtintame interjere dominuoja lubos - dar vienas medinių, raižytų ir paauksuotų dailylenčių pavyzdys po San Gregorio Armeno, į kurias įkomponuotos keturiasdešimt šešios 1598-1603 m. tapytos plokštės. Nuo fasado taip pat matoma San Giacomo della Marca koplyčia, kurią Massimo Stanzione freskomis išpuošė šventojo gyvenimo scenomis (apie 1644-1646 m.).Vienuolyne yra refektorius ir du vienuolynai, iš kurių mažesniajame XVII a. pirmoje pusėje freskomis išpuoštos groteskiniai motyvai ir scenos iš šventojo Jokūbo Marko gyvenimo.
