Piskoposluk Müzesi de Beja, Igreja de Nossa Senhora dos Prazeres'te (Our Lady of Pleasures Kilisesi) yer almaktadır ve 1892'den beri açıktır. Portekiz'in manastırları 1834'te bastırıldıktan sonra o yüzyılda meydana gelen dini kargaşaya demirledi. Aksi takdirde şehri terk edecek olan tüm ayin eserleri buraya getirildi ve gösterildi. Resimler, heykeller, altın işçiliği örnekleri, yaldızlı oymalar, azulejos ve hatta bazı kıyafetler var.