Nijo Kalesi, 1603 yılında Edo döneminin (1603-1867) ilk shogunu olan Tokugawa Ieyasu'nun Kyoto ikametgahı olarak inşa edilmiştir. Torunu Iemitsu, 23 yıl sonra kalenin saray binalarını tamamladı ve beş katlı bir kale Kalesi ekleyerek kaleyi daha da genişletti.
Tokugawa Şogunluğu 1867'de düştükten sonra, Nijo Kalesi şehre bağışlanmadan önce bir süre İmparatorluk Sarayı olarak kullanıldı ve tarihi bir yer olarak halka açıldı. Saray binaları, Japonya'nın feodal döneminin kale saray mimarisinin hayatta kalan en iyi örnekleridir ve kale 1994 yılında UNESCO Dünya Mirası Alanı olarak belirlenmiştir.
