Muzeum Prehistorii i Archeologii Kantabrii zachowuje wszystkie artefakty i szczątki odzyskane podczas wykopalisk archeologicznych w regionie. Posiada więc kolekcje przedmiotów kamiennych i kostnych ze wszystkich zdobionych jaskiń, takich jak La Garma, Altamira, El Castillo i El Pendo.
Muzeum powstało na początku XX wieku z materiałów zebranych głównie przez J. Carballo. Początkowo mieściło się w Pałacu Sobrellano w Comillas, a oficjalnie zostało otwarte przez króla Alfonsa XIII w 1926 roku. Jej zbiory powiększały się każdego roku o artefakty ze wszystkich epok odzyskane w wyniku wykopalisk archeologicznych w Kantabrii. Jednak specjalizacja archeologii regionalnej w stanowiskach paleolitycznych spowodowała, że ten okres prehistorii jest reprezentowany przez dużą próbkę obiektów.
Muzeum podzielone jest na dwie części: Prehistorię i Historię. Pierwsza część ma największą powierzchnię wystawienniczą. Można ją zwiedzać z różnych punktów widzenia: z jednej strony można docenić ewolucję w narzędziach kamiennych, a zatem kulturę materialną i proces techniczny, z drugiej zaś można przestudiować wybór głównych kolekcji z jaskiń w regionie i okresy, które każda z nich reprezentuje. Największe znaczenie przypisuje się paleolitowi, ale eksponowane są również inne okresy prehistoryczne i historia starożytna, w szczególności epoka rzymska i średniowiecze.
