Museu Episcopal de Beja är inrymt i Igreja de Nossa Senhora dos Prazeres (Church of Our Lady of Pleasures) och har varit öppen sedan 1892. Det är förankrat i den religiösa omvälvning som ägde rum det århundradet, efter Portugals kloster undertrycktes 1834. Alla de liturgiska föremålen som annars skulle ha lämnat staden togs hit och sätta på show. Det finns målningar, skulpturer, exempel på guldarbete, förgylld carving, azulejos och till och med några kläder.