ARQUA é un referente imprescindible para descubrir o patrimonio subacuático español en dúas grandes zonas. O primeiro, “Patrimonio Cultural Subacuático”, que se centra na explicación da metodoloxía empregada nas escavacións subacuáticas.Os dous edificios para unha impresionante estrutura moderna, unidos por debaixo do nivel do chan e deseñados para crear un efecto submarino. No seu interior, este notable espazo contén exposicións que explican o fascinante proceso da propia arqueoloxía submarina, e unha colección ecléctica de artefactos relacionados con barcos históricos utilizados no antigo comercio marítimo mediterráneo.Unha característica interesante é a réplica dun dos barcos fenicios (século VII d.C.), atopado en Mazarrón. A outra zona, coñecida como "Mare Hibericum", invita aos visitantes a descubrir a Península Ibérica a través da dinámica historia comercial do Mediterráneo, desde a antigüidade ata o século XIX.Tamén hai colmillos de elefante de época fenicia, descubertos no xacemento do Baixo da Campana. É o primeiro museo de arqueoloxía subacuática de España.Algunhas das mellores características son as seccións transversais reconstruídas dos barcos que mostran como se construían os buques e como se estibaban as cargas. Hai uns dioramas en miniatura moi detallados que mostran escenas da actividade portuaria e maquetas de embarcacións de varias épocas.A última exhibición trata da fragata española Nuestra Señora de las Mercedes, afundida fronte a Portugal en 1804. O naufraxio xerou un importante proceso xudicial entre o goberno español e a empresa de busca do tesouro Odyssy Marine Exploration, que resultou na devolución duns 500 millóns de dólares. valor de artefactos saqueados a España, incluíndo unha gran cantidade de moedas tradicionais españolas que se expoñen no museo.
