El museo se encuentra en los espacios adyacentes al Santuario de Nuestra Señora de Bonaria, en la colina del mismo nombre, en un edificio de origen aragonés y sede de la orden de los Mercedarios, conocido sobre todo por su compromiso a lo largo de los siglos a favor de la liberación de los esclavos. El Santuario, en cambio, debe su fama al simulacro de madera de la Virgen desembarcado en la playa que tiene enfrente en 1370, y a la consiguiente afirmación de un fuerte culto a la Virgen como protectora de los marineros. Las reliquias recogidas son, en su mayor parte, exvotos de los que escaparon del naufragio o de la esclavitud, pero no faltan las ofrendas de soberanos y personas con nombres ilustres como, por ejemplo, las coronas de oro ofrecidas, en febrero de 1816, por Vittorio Emanuele I y María Teresa. Vestimentas, custodias, cálices y preciosos relicarios, regalos de príncipes y prelados, se engrosan en las ventanas. Desde lo alto de un muro brilla el gran ancla de plata ofrecida por la reina Margarita de Saboya. Sables, decoraciones, monedas, porcelana e incluso sonidos y bombas llenan las vitrinas.
