El Museo de Prehistoria y Arqueología de Cantabria conserva todos los objetos y restos recuperados en las excavaciones arqueológicas de la región. Así, cuenta con colecciones de objetos de piedra y hueso procedentes de todas las cuevas decoradas, como La Garma, Altamira, El Castillo y El Pendo.
El Museo fue fundado a principios del siglo XX con el material recogido principalmente por J. Carballo. Inicialmente se ubicó en el Palacio de Sobrellano, en Comillas, y fue inaugurado oficialmente por el rey Alfonso XIII en 1926. Sus colecciones se han ido incrementando cada año con los objetos de todas las épocas recuperados por las excavaciones arqueológicas en Cantabria. Sin embargo, la especialización de la arqueología regional en los yacimientos paleolíticos ha hecho que este periodo de la prehistoria esté representado por una gran muestra de objetos.
El museo está dividido en dos partes: Prehistoria e Historia. La primera parte cuenta con el mayor espacio de exposición. Se puede visitar desde diferentes puntos de vista: por un lado, se puede apreciar la evolución de las herramientas de piedra y, por tanto, de la cultura material y el proceso técnico, mientras que por otro, se puede estudiar una selección de las principales colecciones de las cuevas de la región y los períodos que cada una representa. La mayor importancia se otorga al Paleolítico, pero también se exponen otros periodos prehistóricos y de la Historia antigua, en particular la Edad Romana y la Edad Media.
