Ordoño II byggði musterið á lóð konungshallar sinnar til að sýna þakklæti fyrir að sigra Mára í orrustunni við San Esteban de Gormaz. Þar voru leifar hans grafnar. Alfonso V var krýndur í þessari byggingu árið 999. Infanta Doña Urraca, dóttir Fernando I, studdi byggingu nýrrar byggingar úr múrsteini og múr, með þremur skipum sem enda í apsi. Litað glerið í Dómkirkjunni er frá 13. til 20. aldar og nær yfir 1.765 fermetra svæði. Undir gólfi þess eru rómverskir flóðhestar sem gerðu það að verkum að erfitt var að setja undirstöður stoðanna og ollu vatnssíun.
