La Chiesa di San Gregorio di Bari, realizzata nel X secolo sui resti di un altro edificio di culto, è una delle più affascinanti e caratteristiche della città. Utilizzata in passato come luogo di sepoltura dei membri della Confraternita del Santo, questa antica chiesa merita certamente una visita.La facciata principale aveva tre porte, delle quali le due laterali furono murate nel ‘600 per costruire altari all’interno. Al di sopra di esse vi sono tre ampie monofore con i bordi a grani di rosario, come il portale della vicina S. Marco e le finestre della cattedrale. Più in alto, il finestrone è circondato da piccole mensole con motivi floreali e piccoli animali. L’interno è a tre navate. Due file di quattro colonne, interrotte da pilastri con semicolonne addossate, dividono la navata centrale dalle due laterali. I capitelli appartengono a varie epoche e sono di diversa dimensione. Il primo a destra, con la base piramidale, può essere fatto risalire al VII-VIII secolo dopo Cristo. Il secondo è il più rovinato. Il terzo, di tipo corinzio (con foglie eleganti), offre dei riscontri con S. Michele di Capua, e quindi vanta anch’esso una notevole antichità. Due ordini sovrapposti di foglie d’acanto caratterizzano l’ultimo capitello. Dal lato sinistro, il primo capitello presenta anch’esso due ordini di foglie d’acanto. Sembra che avrebbe dovuto esserci un terzo ordine, ma fu sostituito da un tassello di marmo. Il secondo capitello contiene (ed è l’unico in tal senso) figure umane. Verso la navata centrale si vede un uomo con dei grappoli d’uva, mentre verso la facciata interna nord si vede il viso di un uomo dalla capigliatura liscia e con riga al centro. Il terzo presenta in modo sobrio delle foglie acuminate. Il quarto ed ultimo capitello ad un ordine inferiore di foglie d’acanto sovrappone delle palmette che richiamano l’arte egizia e trovano delle analogie con alcuni capitelli della cripta di Otranto e di S. Basilio a Troia. Figure leonine separate da un volto umano caratterizzano, invece, i capitelli delle semicolonne. L’analogia col capitello dell’arcone che in S. Nicola separa la navata dal presbiterio ha suggerito alla Belli d’Elia una presenza della bottega del Maestro della cattedra d’Elia. All’interno della facciata principale s’è conservato l’affresco di S. Antonio. Mentre un’iscrizione della facciata interna sud ci informa che per qualche tempo la chiesa fu usata come luogo di sepoltura (nel documento del 1308 si parlava già di un cimitero) dai membri della Confraternita di S. Gregorio (popolarmente detta della Passione di nostro Signore a motivo delle statue dei misteri del Venerdì Santo): Confratrum et benefactorum huius edis regalis Ecclesiae annexae. Tra il XVII e il XVIII secolo la chiesa assunse le forme barocche caratteristiche del tempo. L’abside centrale ospitò l’altare maggiore con cinque nicchie, in cui più tardi si usò conservare le statue dei misteri (altre due erano collocate al di sopra delle nicchie, ai piedi del crocifisso).
