Kështjella Nijo u ndërtua në 1603 si rezidenca E Kiotos E Tokugava Lejasu, shogun i parë i Periudhës Edo (1603-1867). Nipi I tij Lemitsu përfundoi ndërtesat e pallatit të kështjellës 23 vjet më pas dhe e zgjeroi më tej kështjellën duke shtuar një kështjellë pesë-katëshe.
Pasi Tokugava Shogun ra në 1867, Kështjella Nijo u përdor si një pallat perandorak për pak kohë përpara se t'i dhurohej qytetit dhe u hap për publikun si një vend historik. Ndërtesat e saj të pallatit janë shembulli më i mirë i mbijetuar i arkitekturës së pallatit të kështjellës të epokës feudale Të Japonisë dhe kështjella u caktua një vend i trashëgimisë botërore të UNESKO-s më 1994.
