Hrad Nijo bol postavený v roku 1603 ako kjótske sídlo Iejasu Tokugawa, prvého šógunu obdobia Edo (1603-1867). Jeho vnuk Iemitsu dokončil hradné palácové budovy o 23 rokov neskôr a ďalej rozšíril hrad pridaním päťpodlažnej hradnej pevnosti.
Po páde šógunátu Tokugawa v roku 1867 bol hrad Nijo na chvíľu využívaný ako cisársky palác predtým, ako bol darovaný mestu a otvorený pre verejnosť ako historické miesto. Jeho palácové budovy sú pravdepodobne najlepšie prežívajúce príklady zámockej architektúry japonského feudálneho obdobia a hrad bol v roku 1994 vyhlásený za svetové dedičstvo UNESCO.
