Hara Slott (原城, Harajō) byggdes 1604 på en kulle med utsikt över Ariake Havet. År 1637 blev det den sista stridsplatsen för Shimabaraupproret, ett stort uppror av bönder - varav många var kristna-som var upprörda över överdriven beskattning och religiös förföljelse av den lokala Herren. Stora shogunatstyrkor skickades in för att lägga ner upproret, men försvararna höll ut i mer än ett år. Slottet var så småningom överskridande, dess befästningar jämnades och rebellerna dödades.
Allt som finns kvar av Hara slott idag är några förstörda befästningar, inklusive konturerna av de tidigare baileys, stenmurar och grundstenarna i slottsportarna. Honmaru (main bailey) är nu en liten park med ett stenmonument som memorialiserar upproret. Det finns också en bronsstaty av Amakusa Shiro, den karismatiska unga rebellledaren, som avrättades efter slottets fall.