Prvo utvrđenje na ovom mjestu bila je kula s četverokutnom bazom, koju je između 1583.i 1585. godine sagradio Firentinski arhitekta Camillo Camillani po nalogu Marcantonia II colonne mlađeg, vicekralja Sicilije, kao dio plana odbrane sicilijanske obale. Izgradnju ove utvrde započeo je 1615. godine Hernando Petigno, komandant kraljevske Konjice Sicilije i vojni guverner Sirakuze. Stariji toranj je ugrađen u novu tvrđavu. Izgradnja je prekinuta do 1636.godine kada su radovi nastavljeni pod upravom Serpione Cottone, Marquess D'altamura. Tvrđava je završena i otvorena 1640.godine i rijedak je primjer barokne tvrđave od kojih je nekoliko nastalo na Siciliji u 17. stoljeću. Fort Sant'angelo nikada nije bio napadnut i demilitariziran je u 19.vijeku kada je korišten kao lokacija za vladin Telegraf od 1849. do 1856. godine. Početkom 1900-ih tvrđava je garnizon od strane zračnih snaga i tvrđava je postala svjetionik. Ujutro 10. jula 1943.godine, takozvani Dan D za Anglo-američko slijetanje na Siciliju, Fort Sant'angelo bombardirali su Američka lagana krstarica USS Brooklyn i razarač USS Buck. To je prouzrokovalo veliku štetu koja je kasnije popravljena. 1965. godine otkazan je rad svjetionika i tvrđava je napuštena.
