La chiesa agostiniana fu originariamente costruita nel 1327 come chiesa parrocchiale della corte imperiale degli Asburgo. Nel 1634, la Augustinerkirche divenne la chiesa parrocchiale della chiesa imperiale. Come chiesa imperiale, molti matrimoni asburgici ebbero luogo lì, incluso il matrimonio dell'arciduchessa (e futura imperatrice) Maria Teresa nel 1736 con il duca Francesco di Lorena, il matrimonio dell'arciduchessa Maria Luisa nel 1810 con l'imperatore Napoleone Bonaparte di Francia e il matrimonio dell'imperatore Francesco Giuseppe nel 1854 con la duchessa Elisabetta di Baviera.
La navata centrale fu costruita sotto l'architetto Dietrich Landtner dal 1330 al 1339, ma non fu consacrata fino al 1° novembre 1349. Con l'espansione della vicina Hofburg, la Augustinerkirche fu gradualmente inghiottita da essa e oggi fa parte del complesso. Anche se poco appariscente dall'esterno, l'interno è più ornato. Durante il regno dell'imperatore Giuseppe II, 18 altari laterali furono rimossi nel 1784 quando la chiesa fu restaurata in stile gotico. Un nuovo altare laterale è stato aggiunto nel 2004, dedicato all'imperatore Carlo I d'Austria (1887-1922) che è sulla strada per essere riconosciuto come santo dalla Chiesa Cattolica Romana.
La cappella di Loreto, a destra dell'altare principale, ospita le urne d'argento che contengono i cuori dei sovrani asburgici, mentre i loro corpi sono conservati nella cripta imperiale. La Herzgruft contiene i cuori di 54 membri della famiglia imperiale.
Tra i monumenti della chiesa spicca il monumento all'arciduchessa Maria Cristina d'Austria, scolpito da Antonio Canova nel 1805.
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