Beja Regionale Museum har en anden gren på denne gamle kirke. Igreja de Santo Amaro blev faktisk grundlagt i 900-tallet, da Beja var under maurisk kontrol. Og selvom det nu er et kapel i en nyere kirke fra 1500-tallet, forbliver der meget præ-romansk kunst på dette portugisiske nationale Monument. Det viser de første tegn på et hierarki i en kirke, med en narthe.for udenforstående, skibet for medlemmer af menigheden og svarende til et kor, strengt for præsteret. En af søjlerne har spiraludskæringer, og hovedstæderne har Plante-og dyremotiver, herunder et billede af et par fugle, der jager en slange.
