Muzeum Regionalne w Beja ma inny oddział w tym starożytnym kościele. Igreja de Santo Amaro została założona w 900 roku, kiedy Beja była pod kontrolą Maurów. I choć obecnie jest to kaplica w nowszym kościele z 1500 roku, wiele Sztuki przedromańskiej pozostaje w tym portugalskim zabytku Narodowym. Ukazuje pierwsze oznaki hierarchii w kościele, z narteksem dla osób postronnych, nawą dla członków Zgromadzenia i odpowiednikiem chóru, ściśle dla duchowieństwa. Jedna z kolumn ma spiralne rzeźby, a kapitele mają motywy roślinne i zwierzęce, w tym wizerunek pary ptaków polujących na węża.
