Muzeul Regional Beja are o altă ramură la această biserică veche. Igreja de Santo Amaro a fost fondată în anii 900, când Beja era sub control Maur. Și în timp ce acum este o capelă într-o biserică mai nouă datând din anii 1500, O mulțime de artă pre-Romanică rămâne la acest Monument național portughez. Prezintă primele semne ale unei ierarhii la o biserică, cu un pronaos pentru străini, naosul pentru membrii congregației și echivalentul unui cor, strict pentru cler. Una dintre coloane are sculpturi în spirală, iar capitalele au motive vegetale și animale, inclusiv o imagine a unei perechi de păsări care vânează un șarpe.
