An Beja Músaem Réigiúnach tá brainse eile ag an séipéal ársa. An Igreja de Santo Amaro a bhí i ndáiríre a bunaíodh i 900s nuair a Beja a bhí faoi Moorish a rialú. Agus cé go bhfuil sé anois le séipéal laistigh de níos nuaí eaglais ag dul go dtí an 1500s, a lán de na réamh-Rómhánúil ealaín go bhfanann ag an portaingéile Séadchomhartha Náisiúnta. Léiríonn sé an chéad chomharthaí de ordlathas ag an séipéal, le narthex do outsiders, an corp do chomhaltaí an bpobal agus ar an coibhéiseach de cór, go docht le haghaidh an chléir. Ceann de na colúin tá bíseach carvings, agus na príomhchathracha bhfuil plandaí agus móitífeanna ainmhithe, lena n-áirítear an íomhá ar an péire na n-éan fiach nathair.
