L'origine della Basilica dello Spirito Santo inizia quando gli immigrati arrivati alla fine del XIX secolo promossero la creazione di una cappella dedicata alla Vergine di Guadalupe, patrona del Messico e delle Filippine e considerata l'"imperatrice d'America". Nel 1890 una famiglia di nome Figueroa costruì una cappella in onore di Guadalupe.
In assenza di una sede, monsignor Aneiros offrì nel 1894 alla Congregazione del Verbo Divino (fondata oggi da sant'Arnold Janssen l'8 settembre 1875 a Steyl, una piccola città dell'Olanda, vicino al confine con la Germania), che si trovava nel Paese dal 1889, la cappella come sede.
Lì, la viceparrocchia di Gral. Las Heras (il nome della parrocchia come giurisdizione civile) iniziò a funzionare il 1° novembre 1896. In pochi anni, la cappella era già piccola per il quartiere. Per questo motivo si decise di costruire il nuovo tempio.
La pietra fondamentale (si trova dietro l'altare principale) fu posta nel 1901 e inaugurata nel 1907, per ordine del fondatore della Congregazione, il nuovo tempio sarebbe stato dedicato allo Spirito Santo.
Fu dichiarato basilica il 30 ottobre 1940 da Papa Pio XII, "per la sua bellezza e ampiezza". L'immagine della Vergine fu portata dal Messico.
La Basilica dello Spirito Santo impatta all'esterno dove spiccano le due torri alte 54 metri. Con una leggera tendenza gotica esposta a quell'altezza, in ognuna di esse si trova un imponente orologio, la cui macchina è di origine tedesca. Il carillon ha tre campane. Sopra gli orologi si trovano i campanili veri e propri che contengono cinque campane fuse nella città di Bochum, sempre in Germania.
