Nel 1528, la Scuola affidò la decorazione della cupola a Giovanni Antonio da Pordenone, che terminò in pochi mesi gli affreschi raffiguranti:
la Trasfigurazione sopra l’altare maggiore; Dio Padre in gloria nella cupola; i quattro evangelisti nei pennacchi; otto episodi dell’Antico Testamento sul tamburo; i quattro dottori della Chiesa sulle lunette. Di questo ciclo di affreschi rimangono purtroppo pochi frammenti. Il presbiterio fu, inoltre, ridipinto tra il 1764 e il 1767 da Giuseppe Angeli, che cercò di rispettare l’iconografìa del precedente affresco ma la tradusse come era inevitabile nel linguaggio tipico del settecento. Di conseguenza, la Trasfigurazione, il Padre Eterno in gloria, gli Evangelisti e i dottori della Chiesa che oggi vediamo sono opera eseguita nel settecento.