Varri I Shën Klerit u projektua dhe u kërkua jashtë urbicës porta, në Kishën E San Xhorxhios, ku Fransis u varros përkohësisht dhe ku Shënuesi u varros më 12 gusht 12, 1253. Kisha E San Xhorxhios ishte pak më e ulët se rruga që, duke u larguar nga qyteti, drejtuar "kundër Ispellumit"; një rrugë tjetër u ngjit në san Rufino dhe një e treta, përgjatë murit Romak, zbriti drejt porta Moiano. Prandaj vendi u quajt "Tribium S. Georgii". Në mes të rrugës dhe kishës qëndronin, jo shumë kohë më parë, një spital i aneksuar në kishë; çdo gjë varej nga kapitulli i katedrales.
Ndërsa që kisha-mauzoleu, të ngrihet për nder Të Shën Francis, vendi u përcaktua vetëm dy vjet pas vdekjes së tij, për atë që i kushtohej Shën Klerit, ne menjëherë u transferuam në pjesën e kundërt të qytetit, pranë Kishës Së Shën Gjergjit (Marino Bigaroni, Basilika e Shën Asisiit, p. 13). Tre vjet pas vdekjes dhe një vit pasi kanonizimi i Shën Klerit filloi më 1257 ndërtimi i Bazilikës së Shën Klerit rreth Kishës së lashtë Shën Gjergjit, e cila deri në 1230 kishte mbajtur mbetjet e vdekshme Të Shën Francis. Mbetjet e Shenjtorit u transferuan tashmë në 1260, ndërsa reshtimi solemn u bë në 1265, në prani Të Klement IV. puna e ndërtimit u krye nga arkitekti Filipo Da Campello. Dhoma e nëndheshme që tani strehon Varrin e shenjtorit është ndërtuar vetëm në vitin 1850.