La iglesia de Santa Maria di Rivotorto se encuentra a pocos kilómetros de Santa Maria degli Angeli, y fue construida, en un estilo neogótico después del terremoto de 1854, en el lugar de un edificio anterior construido para proteger el "Tugurio Francescano" que ahora se guarda dentro de la iglesia. Son las ruinas de un lugar donde, según la tradición, el Santo y sus compañeros se refugiaron para rezar y meditar. En la fachada de la iglesia se encuentran las crestas de la Basílica de San Francisco (de la que dependía el santuario) y, sobre la puerta principal, la frase: "Hic primordia Fratrum Minorum" (Aquí los comienzos de los Frailes Menores), que recuerda la tradición, según la cual San Francisco estableció los fundamentos de la Regla Franciscana.
El interior de la iglesia tiene tres naves, separadas por columnas poligonales. Aquí se encuentra el humilde "tugurio di somma umilitate", en el lugar donde fue descubierto, el lugar donde el santo se refugió con Bernardo da Quintavalle y Pietro di Catanio. Está formado por tres pequeñas habitaciones, la segunda de las cuales se utiliza como capilla, con un altar de comunión del siglo XV sobre un cipo octogonal. En la iglesia, en la contrafachada, hay un cuadro de San Miguel Arcángel de Domenico Mattei. En las paredes hay pinturas de Cesare Sermei que aluden a la historia franciscana.