La Tomba de Santa Clara va ser dissenyat i el volia fora de la porta urbica, a l'Església de San Giorgio, on Francesc va temporalment ja enterrat i on el Sant va ser enterrat el 12 d'agost de 1253. L'Església de San Giorgio, va ser a les afores de la homònim porta de la ciutat, una mica inferior a la carretera que, sortint de la ciutat, encapçalada per un "versus Ispellum"; una altra carretera que va fins a sant Rufino, i un tercer, al costat de la muralla Romana, va baixar cap a la porta Moiano. Per tant, el lloc era anomenat "Tribium S. Georgii". Entre la carretera i l'església estava, no fa gaire, un hospital annex a l'església; tot depenia del capítol de la catedral.
Mentre que per a l'església-mausoleu, que es va erigir en honor de Sant Francesc, el lloc es va determinar que només dos anys després de la seva mort, per la que es dedicat a Santa Clara de seguida ens va traslladar a l'inrevés part de la ciutat, al costat de l'Església de Sant Jordi (Marino Bigaroni, la Basílica de Santa Clara d'Assís, p.13). Tres anys després de la mort i un any després de la canonització de Sant Clara va començar al 1257 a la construcció de la Basílica de Santa Clara al voltant de l'antiga Església de Sant Jordi, que fins 1230 havien mantingut les restes mortals de Sant Francesc. Les restes de la Santa van ser transferits ja en 1260, mentre que la solemne consagració va tenir lloc el 1265, en presència de Climent IV. Les obres de construcció es va dur a terme per l'arquitecte Filippo Da del Campello. La cripta, que ara acull la Tomba del sant va ser construït només en 1850.