San Francesco del Deserto je malo i mirno ostrvo u Venecijanskoj laguni, koje se nalazi između ostrva Burano i ostrva Sant'Erasmo.
Ostrvo San Frančesko je dom franjevačkog samostana (Manja braća) osnovanog 1230. Okružen je peščanim sprudovima i obavijen je po obodu čempresima i borovima.
U antičko doba ostrvo San Francesco del Deserto, zvalo se Isola delle Due Vigne i bilo je u vlasništvu venecijanskog plemića Jacopa Michiela.
Priča se da je 1220. godine San Francesco d'Asisi ostao tamo u povlačenju nakratko, vraćajući se sa istoka i iz Petog krstaškog rata (ne zbog borbe, već da bi se mirno sastao sa Malek-el-Kamelom, sultanom Egipta).
U to vrijeme na ostrvu je već postojala mala bizantijska crkva u kojoj je sveti Franjo stao da razmisli i pomoli se sa fratrom Iluminatom da Rietijem, svojim saputnikom.
Godine 1233. Jacopo Michiel je poklonio ostrvo Franjevačkom redu i od ovog trenutka "Isola delle Due Vigne" je preimenovana u "Isola di San Francesco".
Zbog bolesti i pošasti poput malarije, koje su se širile ovim močvarnim područjima, 400. godine ostrvo je nakratko napušteno: tom prilikom je na njegovu adresu primijenjen sufiks "del Deserto" (pustinje). ime, preimenovanje u ostrvo San Francesco del Deserto.
Od 400. godine nadalje San Francesco del Deserto je oduvijek bio pod upravom reda franjevaca, s izuzetkom ranog devetnaestog stoljeća (1808.) kada su Napoleonove trupe pretvorile ostrvo u skladište i kutiju za gnjuranje.
1858. godine, radom Padre Bernardina da Portogruara, ostrvo je dato Venecijanskoj biskupiji, što je monasima omogućilo da ponovo osnuju samostan, koji je i danas aktivan.
Ostrvo je dostupno samo privatnim prevozom ili taksijem i možete ga posetiti i tamo ostati nekoliko dana u povlačenju nakon dogovora sa redovnicima koji tamo žive.