Počiatky kostola a Kostnice siahajú do trinásteho storočia a súvisia s históriou nemocnice Brolo, ktorá už dnes neexistuje. V roku 1642 boli obe budovy vážne poškodené zrútením zvonice neďalekého kostola Santo Stefano. Kostnica bola rýchlo opravená a kostol bol prestavaný v roku 1750 v barokovom a rokokovom štýle architektmi Andrea Biffi a Carlo Giuseppe Merlo, z ktorých druhý pracoval na projekte hlavnej veže Duomo. Vďaka pravidelnému zarovnaniu okien na vonkajšej strane fasáda pripomína skôr honosné paláce z osemnásteho storočia ako barokový kostol. Interiér kostola má osemuholníkový pôdorys s dvoma bočnými kaplnkami a barokovými mramorovými oltármi. Úzka chodba napravo od vchodu umožňuje prístup do Kostnice kaplnky. Je to malá štvorcová miestnosť zdobená oltárom a výklenkom so sochou Madony Addolorata (Sedembolestnej Panny Márie), ktorá kľačí pred Ježišovým telom.
Steny sú takmer celé pokryté lebkami a kosťami, usporiadané do výklenkov a na rímsach, stĺpoch a dverách. Predpokladá sa, že ide o pozostatky zosnulého z nemocnice Brolo, z mŕtvol odobratých zo zaniknutých cintorínov v sedemnástom storočí. Lebky uzavreté v prípadoch nad dverami sú lebky popravených väzňov.
Kostnica kaplnka bola kedysi zdobená freskami od Sebastiano Ricci, predchodca Tiepolo ktorý predstavil benátske barokové maľovanie do Milána. Predstavovali "triumf duší v lete anjelov" a slávu štyroch patrónov: Santa Maria Vergine, S. Ambrogio, S. Sebastiano a S. Bernardino da Siena.