Ninnaji yra viena iš daugelio didžiųjų šventyklų Kiote, kurios yra išvardytos kaip Pasaulio paveldo objektai. Tai yra "Shingon" budizmo sektos Omuro mokyklos pagrindinė šventykla ir 888 m.įkūrė valdantis imperatorius. Per daugelį šimtmečių imperatoriškosios šeimos narys tarnavo kaip Ninnaji galvos kunigas, o šventykla taip pat buvo žinoma kaip Omuro imperatoriškieji rūmai.
Dėl daugybės karų ir gaisrų, kurie per visą savo istoriją nusiaubė Kiotą, nė vienas iš 9-ojo amžiaus šventyklos pamatų pastatų vis dar neišgyvena. Seniausi pastatai datuojami Edo laikotarpio pradžioje 1600-ųjų pradžioje, įskaitant pagrindinę salę (Kondo), Kannono salę, Niomono priekinius vartus, Chumono vidinius vartus ir penkių aukštų pagodą.