Ninnaji là một trong những ngôi chùa ở Kyoto đó là liệt kê là Di sản thế Giới. Nó là ngôi đền đầu của Omuro Trường học của các Tông phái của Phật giáo và đã được thành lập tại 888 bởi vì hoàng đế. Qua nhiều thế kỷ, một thành viên của gia Đình Hoàng gia được sử dụng để phục vụ như Ninnaji đầu của linh mục, và những ngôi đền cũng được biết đến như Omuro Cung điện Hoàng gia.
Do nhiều cuộc chiến tranh và cháy tàn phá Kyoto trong suốt lịch sử của nó, không ai trong các tòa nhà từ đền thờ của nền tảng trong thế kỷ thứ 9, vẫn còn tồn tại. Những tòa nhà cổ nhất ngày trở lại bắt đầu Edo trong đầu năm 1600, bao gồm cả những sảnh (Đông), các Nghìn Hall, Niomon cổng trước, Chumon bên trong gate và những tầng năm chùa.