Ninnaji Jahon merosi saytlar sifatida keltirilgan Kioto ko'plab buyuk ibodatxonalar biridir. Buddizmning Shingon mazhabidagi Omuro maktabining bosh ibodatxonasi bo'lib, 888-yilda hukmron imperator tomonidan tashkil etilgan. Ko'p asrlar davomida, Imperial oila a'zosi Ninnaji bosh ruhoniy sifatida xizmat qilish uchun ishlatiladi, va Ma'bad ham Omuro Imperial Palace sifatida tanilgan edi.
Tufayli uning tarixi davomida Kioto vayron ko'p urushlar va yong'inlar uchun, 9-asrda ma'badning jamg'armasi binolar hech hali omon. Eng qadimgi binolar 1600-larning boshida Edo davrining boshiga to'g'ri keladi, shu jumladan asosiy zal (Kondo), Kannon zali, Niomon old darvozasi, Chumon ichki darvozasi va besh qavatli pagoda.