Ninnaji je jedným z mnohých veľkých chrámov v Kjóte, ktoré sú uvedené ako miesta svetového dedičstva. Je to hlavný chrám Omuro školy Šingonskej sekty budhizmu a bol založený v roku 888 vládnucim cisárom. V priebehu mnohých storočí slúžil člen cisárskej rodiny ako hlavný kňaz Ninnaji a chrám bol známy aj ako cisársky palác Omuro.
Kvôli mnohým vojnám a požiarom, ktoré spustošili Kjótsky protokol v celej jeho histórii, žiadna z budov z nadácie chrámu v 9.storočí stále neprežije. Najstaršie budovy sa datujú do začiatku obdobia Edo na začiatku 1600.rokov, vrátane hlavnej sály (Kondo), Kannon Hall, Niomon front gate, Chumon inner gate a päťposchodovej pagody.