Ninnaji je jedan od mnogih velikih hramova Kyota na UNESCO-vom popisu svjetske baštine. To je glavni hram škole Omuro budističke sekte Shingon, koju je 888. osnovao vladajući car. Stoljećima je jedan od članova carske obitelji služio kao glavni svećenik Ninnaji, a hram je također poznat kao Omuro Imperial Palace.
Zbog brojnih ratova i požara koji su uništili Kyoto tijekom svoje povijesti, nijedna od zgrada iz temelja hrama u 9.stoljeću još nije preživjela. Najstarije građevine datiraju iz početka Edo razdoblja početkom 1600-ih, uključujući glavnu dvoranu (condo), dvoranu Cannon, Niomonovu ulaznu vrata, unutarnja vrata Chumon i peterokatnu pagodu.