Ninnaji ir viens no daudzajiem lielajiem tempļiem Kioto, kas ir uzskaitīti kā Pasaules mantojuma vietas. Tas ir galva templis Omuro skolas Shingon sektas budisma un tika dibināta 888 ar valdošo imperators. Daudzu gadsimtu laikā imperatora ģimenes loceklis kalpoja kā Ninnaji galvenais priesteris, un templis bija pazīstams arī kā Omuro Imperial Palace.
Sakarā ar daudzajiem kariem un ugunsgrēkiem, kas izpostīja Kioto visā tās vēsturē, neviena no 9.gadsimta tempļa dibināšanas ēkām joprojām neizdzīvo. Vecākās ēkas datētas ar Edo perioda sākumu 1600. gadu sākumā, ieskaitot galveno zāli (Kondo), Kannon zāli, Niomona priekšējos vārtus, Chumon iekšējos vārtus un piecu stāvu pagodu.