Ninnaji adalah salah satu dari banyak besar kuil-kuil di Kyoto yang terdaftar sebagai Warisan Dunia. Ia adalah ketua kuil Omuro Sekolah Shingon sekte agama Buddha dan diasaskan di 888 oleh sang maharaja. Selama berabad-abad, anggota Keluarga Empayar yang digunakan untuk melayani sebagai Ninnaji kepala pendeta, dan kuil telah juga dikenal sebagai Omuro Istana kerajaan.
Disebabkan oleh banyak perang dan kebakaran yang menghancurkan Kyoto sepanjang sejarah, tidak ada bangunan dari kuil foundation pada abad ke-9 masih hidup. Bangunan tertua tarikh kembali ke permulaan dari zaman Edo di awal tahun 1600-an, termasuk utama dewan (Kondo), yang Kannon Hall, Niomon gerbang depan, yang Chumon gerbang dalam dan lima menempa pagoda.