Ninnaji adalah salah satu dari banyak kuil besar di Kyoto yang terdaftar sebagai Situs World Heritage. Ini adalah kepala kuil Omuro School of sekte Syingon Buddhisme dan didirikan pada 888 oleh Kaisar yang berkuasa. Selama berabad-abad, anggota keluarga kerajaan yang digunakan untuk melayani sebagai Ketua pendeta Ninnaji, dan Kuil juga dikenal sebagai Omuro Imperial Palace.
Karena banyak perang dan kebakaran yang melanda Kyoto sepanjang sejarah, tidak ada bangunan dari temple pada abad ke-9 masih bertahan. Gedung tertua pada awal periode Edo pada awal 1600-an, termasuk aula utama (Kondo), Aula Kannon, gerbang depan Niomon, gerbang bagian dalam Chumonied dan Lima pagoda.