Nijo pilis buvo pastatyta 1603 m. kaip Tokugavos Iejasu Kioto rezidencija, pirmasis Edo laikotarpio šiogūnas (1603-1867). Jo anūkas Iemitsu baigė pilies rūmų pastatus po 23 metų ir dar labiau išplėtė pilį, pridėdamas penkių aukštų pilį.
Po to, kai Tokugavos šiogūnatas nukrito 1867 m., Nijo pilis tam tikrą laiką buvo naudojama kaip imperatoriškieji rūmai, prieš juos dovanojant miestui ir atveriant visuomenei kaip istorinę vietą. Jo rūmų pastatai, be abejo, yra geriausi išlikę Japonijos feodalinės eros pilies rūmų architektūros pavyzdžiai, o pilis 1994 m.buvo įtraukta į UNESCO Pasaulio paveldo sąrašą.