Nijo loss ehitati 1603.aastal Tokugawa Ieyasu, Edo perioodi esimese Shoguni (1603-1867) Kyoto elukohaks. Tema lapselaps Iemitsu lõpetas lossi palee hooned 23 aastat hiljem ja laiendas lossi veelgi, lisades viiekorruselise lossi.
Pärast Tokugawa Shogunate langemist 1867. aastal kasutati Nijo lossi mõnda aega keiserliku paleena, enne kui see annetati linnale ja avati avalikkusele ajaloolise kohana. Selle palee hooned on vaieldamatult parimad ellujäänud näited Jaapani feodaalse ajastu lossi palee arhitektuurist ning loss nimetati 1994.aastal UNESCO maailmapärandi nimistusse.