Az ARQUA nélkülözhetetlen referencia a spanyol víz alatti örökség felfedezéséhez két nagy területen. Az első, a "Víz alatti kulturális örökség", amely a víz alatti ásatások során alkalmazott módszertan magyarázatára összpontosít. A két épület egy lenyűgöző modern struktúra, amely a talajszint alatt kapcsolódik egymáshoz, és úgy tervezték, hogy víz alatti hatást keltsen. Belül ez a figyelemre méltó tér magának a víz alatti régészetnek a lenyűgöző folyamatát magyarázó kiállításokat, valamint az ókori mediterrán tengeri kereskedelemben használt történelmi hajókkal kapcsolatos műtárgyak eklektikus gyűjteményét tartalmazza. Érdekesség a Mazarrónban talált egyik föníciai hajó (Kr. u. 7. század) másolata. A másik, "Mare Hibericum" néven ismert terület arra invitálja a látogatókat, hogy fedezzék fel az Ibériai-félszigetet a Földközi-tenger dinamikus kereskedelmének történetén keresztül, az ókortól a 19. századig. A föníciai időkből származó elefántfogakat is találtak a Bajo de la Campana lelőhelyen. Ez az első víz alatti régészeti múzeum Spanyolországban. A legjobbak közé tartoznak a hajók rekonstruált keresztmetszetei, amelyek megmutatják, hogyan építették a hajókat és hogyan tárolták a rakományt. Van néhány nagyon részletes miniatűr dioráma, amelyek a kikötői tevékenység jeleneteit és a különböző korok hajómodelljeit mutatják be.
Az utolsó kiállítás a Nuestra Senora de las Mercedes spanyol fregattról szól, amely 1804-ben süllyedt el Portugália partjainál. A hajóroncs miatt a spanyol kormány és az Odyssy Marine Exploration kincsvadász cég között fontos jogi ügy indult, amelynek eredményeképpen mintegy 500 millió dollár értékű zsákmányolt műkincset kaptak vissza Spanyolország, köztük rengeteg hagyományos spanyol érmét, amelyek a múzeumban láthatók.