ARQUA ist ein unverzichtbares Nachschlagewerk für die Entdeckung des spanischen Unterwassererbes in zwei großen Bereichen. Der erste, "Unterwasser-Kulturerbe", konzentriert sich auf die Erläuterung der Methodik, die bei Unterwasser-Ausgrabungen verwendet wird. Die beiden Gebäude bilden eine beeindruckende moderne Struktur, die unterirdisch miteinander verbunden ist und einen Unterwassereffekt erzeugt. Im Inneren dieses bemerkenswerten Raums befinden sich Exponate, die den faszinierenden Prozess der Unterwasserarchäologie erklären, sowie eine vielseitige Sammlung von Artefakten historischer Schiffe, die im antiken Seehandel des Mittelmeers eingesetzt wurden. Besonders interessant ist die Nachbildung eines phönizischen Schiffes (7. Jahrhundert n. Chr.), das in Mazarrón gefunden wurde. Der andere Bereich, "Mare Hibericum" genannt, lädt den Besucher ein, die Iberische Halbinsel durch die dynamische Handelsgeschichte des Mittelmeers von der Antike bis zum 19. Jahrhundert. Auch Elefantenstoßzähne aus phönizischer Zeit, die in der Fundstätte Bajo de la Campana entdeckt wurden, sind zu sehen. Es ist das erste Museum für Unterwasserarchäologie in Spanien. Besonders sehenswert sind die rekonstruierten Querschnitte von Schiffen, die zeigen, wie die Schiffe konstruiert waren und wie die Ladungen verstaut wurden. Es gibt einige sehr detaillierte Miniatur-Dioramen, die Szenen des Hafenbetriebs und Modellschiffe aus verschiedenen Epochen zeigen.
Die letzte Ausstellung befasst sich mit der spanischen Fregatte Nuestra Senora de las Mercedes, die 1804 vor Portugal sank. Das Wrack war der Auslöser für einen bedeutenden Rechtsstreit zwischen der spanischen Regierung und der Schatzsucherfirma Odyssy Marine Exploration, der zur Rückgabe von geplünderten Artefakten im Wert von etwa 500 Millionen Dollar an Spanien führte, darunter eine Fülle von traditionellen spanischen Münzen, die im Museum ausgestellt sind.