ARQUA je nezbytnou příručkou pro objevování španělského podmořského dědictví ve dvou velkých oblastech. První z nich, "Podmořské kulturní dědictví", se zaměřuje na vysvětlení metodiky používané při podmořských vykopávkách. Dvě budovy pro působivou moderní stavbu, propojenou pod úrovní terénu a navrženou tak, aby vytvářela podvodní efekt. Uvnitř tohoto pozoruhodného prostoru se nacházejí exponáty vysvětlující samotný fascinující proces podvodní archeologie a eklektická sbírka artefaktů vztahujících se k historickým lodím používaným ve starověkém středomořském námořním obchodu. Zajímavostí je replika jedné z fénických lodí (7. stol. n. l.) nalezené v Mazarrónu. Druhá oblast, známá jako "Mare Hibericum", zve návštěvníky k objevování Pyrenejského poloostrova prostřednictvím dynamické obchodní historie Středomoří od starověku až po 19. století. Nacházejí se zde také sloní kly z fénické doby, objevené v lokalitě Bajo de la Campana. Jedná se o první muzeum podmořské archeologie ve Španělsku. K nejlepším exponátům patří zrekonstruované průřezy lodí, které ukazují, jak byla plavidla konstruována a jak byl ukládán náklad. Jsou zde velmi detailní miniaturní dioramata zobrazující výjevy z přístavní činnosti a modely lodí z různých období.
Poslední expozice je věnována španělské fregatě Nuestra Senora de las Mercedes, která se potopila u Portugalska v roce 1804. Tento vrak byl příčinou důležitého soudního sporu mezi španělskou vládou a společností Odyssy Marine Exploration, která se zabývala hledáním pokladů, a výsledkem byl návrat uloupených artefaktů v hodnotě přibližně 500 milionů dolarů do Španělska, včetně bohatství tradičních španělských mincí, které jsou v muzeu vystaveny.