Nacionalni Arheološki muzej Napulja jedan je od najstarijih i najvažnijih na svijetu zahvaljujući bogatstvu i jedinstvenosti baštine i doprinosu europskom kulturnom krajoliku. Podrijetlo i oblikovanje zbirki povezani su s likom Carl III burbona, na prijestolju Napuljskog kraljevstva od 1734.godine, i njegovom kulturnom Politikom: kralj je promovirao istraživanje vesuvijskih gradova pokopanih u erupciji 79. godine (započeo je 1738. godine u Herculaneumu, 1748. godine u Pompejima) i nadgledao osnivanje u gradu Farnezijskog muzeja, prenoseći iz rezidencija Rima i Parme dio bogate zbirke naslijeđene od majke Elizabete Farnese.
Duguje svom sinu Ferdinandu IV projekt ponovnog ujedinjenja u trenutnoj zgradi koja je nastala krajem 1500-ih s imenovanjem cavallerizza i od 1616 do 1777 sveučilišnog sjedišta, dvije jezgre zbirke Farnese i zbirke Vesuvius eksponata već su izložene u Muzeju Ercolanese u kraljevskoj palači Arkade.
Od 1777. zgrada je pogođena dugom pozornicom obnove i ekspanzijskih projekata povjerenih arhitektima F. Fuga i P. Schiffarelli. Tijekom desetljeća Francuske dominacije (1806-1815) napravljene su prve produkcije, a uz povratak Bourbona u Napulj 1816.dobio je ime Kraljevskog muzeja Bourbon. Zamišljen kao svestrani muzej, ugostio je institucije i laboratorije (Kraljevska knjižnica, akademija za crtanje, radionica papirusa...), kasnije prebačen na druga mjesta u 1957.
Zbirke muzeja, koje su postale nacionalne 1860. godine, obogaćene su stjecanjem izložaka iz iskopa na kampanjama i južnoj Italiji i privatnim zbirkama. Prijenos galerije slika u Capodimontu 1957. godine određuje stvarnu fizionomiju Arheološkog muzeja. Sadrži vrijedne zbirke i arheološke nalaze koji se ističu između prapovijesnog i kasnog rimskog doba, na koje se dodaju brojne povijesne zbirke, uključujući obitelji Farnese, Borgia i zbirke drevnog Egipta.